L'invention concerne une formulation microbienne granulaire comprenant une pluralité de microorganismes qui sont capables d'auto-agrégation cellule-à-cellule sans nécessiter une matière de support. L'invention concerne également un procédé de fabrication de la formulation dans des conditions aseptiques, le procédé comprenant les étapes consistant à : (a) isoler une pluralité des différents microorganismes ; (b) mélanger la pluralité des différents microorganismes dans un réacteur ; (c) introduire un milieu liquide dans le réacteur ; (d) adresser au réacteur un gaz contenant de l'oxygène ; (e) permettre à une biomasse de la pluralité des différents microorganismes de décanter ; (f) décharger et remplacer une partie du milieu liquide dans le réacteur ; et (g) récolter la formulation microbienne granulaire pour le stockage. La formulation peut être utilisée dans le traitement des eaux résiduelles ou d'autres étendues d'eau contaminées.