L'invention concerne un procédé par boues activées et à plusieurs étapes permettant de stabiliser les effets de réduction de la quantité des boues en utilisant l'action de prédation des animalcules. Les eaux usées organiques sont introduites dans un premier bassin de traitement biologique 1 comprenant des moyens d'aération, et 70 % ou plus, de préférence 80 % ou plus, et de préférence encore 90 % ou plus des composants organiques (DBO solubles) sont décomposés de manière oxydative par une bactérie commune présente dans l'eau brute telle que les Alcaligènes, Pseudomonas, Bacillus, Aerobacter, ou Flavobacterium. L'eau traitée dans le premier bassin de traitement biologique 1 est introduite dans un deuxième bassin de traitement biologique 2, et la réduction de la quantité de boues en excès est réalisée par la décomposition oxydative des composants organiques restants, l'autolyse des bactéries dispersives et par la prédation par les animalcules. Dans le deuxième bassin de traitement biologique 2, un lit fluidisé, dans lequel un support C est ajouté de manière à augmenter la capacité de retenue des animalcules dans le bassin, est utilisé.