L'invention concerne un moteur thermique comportant des chambres de combustion (5) dans chacune desquelles est monté un piston (7) relié à un arbre de sortie (9) pour lui appliquer un couple, une machine tournante (19) étant reliée à l'arbre de sortie et le moteur comprenant en outre un organe de gestion (21) d'une désactivation d'au moins une des chambres de combustion, l'organe de gestion étant relié à la machine tournante pour commander celle-ci de manière à compenser un déséquilibrage de l'arbre de sortie résultant de la désactivation de la chambre de combustion.L'invention a également pour objet un système de gestion de désactivation pour un tel moteur thermique.