Un système et une méthode pour la conversion des acides gras libres en glycérides et la conversion suivante de glycérides en glycérine et biodiesel comprennent la transestérification d'un flux glycéride avec un alcool. Les alkyl esters d'acides gras sont séparés de la glycérine pour produire une première phase liquide contenant un flux riche (concentré) en un alkyl ester d'acides gras et une seconde phase liquide contenant un flux riche (concentré) en glycérine. Le flux riche en alkyl ester d'acides gras est ensuite soumis à une distillation, de préférence à une distillation réactive, dans laquelle le flux subit la fois une séparation physique et une réaction chimique. Le flux riche en alkyl ester d'acides gras est ensuite purifié pour produire un produit biodiesel purifié et un flux résiduel riche en glycéride. Le biodiesel peut encore être récupéré à partir du flux résiduel riche en glycéride, par une autre séparation et/ou transformation des glycérides / acides gras libres qui y figurent. Le flux de la seconde phase liquide riche en glycérine peut de plus être purifié pour produire un produit purifié de glycérine et un (second) flux humide d'alcool. La neutralisation du flux alcalin, formé au cours du procédé de transestérification à catalyse alcaline, peut être obtenue par ajout d'un minéral ou d'un acide organique.