L'invention concerne un appareil et un procédé pour traiter des substrats à l'aide d'un système de traitement à chambres multiples qui est adapté pour traiter des substrats et analyser les résultats des processus réalisés sur le substrat. Dans un aspect de l'invention, une ou plusieurs étapes d'analyse et/ou étapes de pré-nettoyage sont utilisées pour réduire l'effet du temps d'attente sur le rendement du dispositif. Dans un aspect de l'invention, un dispositif de commande de système et ladite ou lesdites chambres d'analyse sont utilisés pour surveiller et commander une recette de chambre de processus et/ou une séquence de processus afin de réduire les débris de substrat dûs à des défauts dans le dispositif formé et les problèmes de variabilité de performance du dispositif. Des modes de réalisation de la présente invention concernent aussi généralement des procédés et un système pour former de manière répétitive et fiable des dispositifs à semi-conducteurs utilisés dans un grand nombre d'applications.