L'objectif de l'invention est de perfectionner à l'aide d'un procédé pour la commande d'une installation de remplissage (3), qui comporte une pluralité d'éléments de remplissage (12,13) pouvant être commandés dotés de dispositifs de mesure de débit (18), des installations de remplissage qui sont également appropriées pour l'usage aseptique, de telle manière que, même en cas de défaillances déterminées, au moins un fonctionnement temporaire de l'installation reste possible sans qu'une réparation ne doive être immédiatement effectuée. À cet effet, pour commander la durée d'ouverture d'un premier élément de remplissage (12), la durée d'ouverture nécessaire au passage du débit de consigne d'au moins un deuxième élément de remplissage (13) est mesurée au moyen du dispositif de mesure de débit s'y trouvant et le premier élément de remplissage (12) est ouvert pour la durée d'ouverture mesurée.