La présente invention concerne un procédé souple de préparation et de conditionnement de matière sédimentaires. L'utilisation d'indicateurs chimiques permet d'accroître le degré de décontamination de ces résidus de dragage. En fonction du degré de décontamination présent dans la matière, le procédé sert à isoler une contamination précise et utiliser un traitement variable afin de décontaminer ces composés. Tous les composés contenus dans le sédiment dragué ne sont pas traités de la même manière. Le procédé permet d'isoler les éléments composites de la matière et de traiter chaque particule à l'aide d'un traitement différent selon sa classification. Une fois le traitement fini, cette matière peut être associée et déshydratée en vue d'une utilisation appropriée.