La présente invention concerne un dispositif d'orientation de molécule (100) comprenant une section de montage d'échantillon (20), une section d'usinage (10) ayant une sonde (11), une section d'analyse X,Y de sonde (62) pour analyser la section de montage d'échantillon (20) ou la section d'usinage (10) de manière relative et une section d'oscillation (30) pour entraîner une vibration minute de la section de montage d'échantillon (20) ou la section d'usinage (10) à une fréquence prédéterminée, une section (40) pour détecter l'amplitude et autre sur la section d'usinage (10), une section de détection du signal minute (50) pour extraire uniquement un composant spécifique choisi sélectivement à partir d'un signal détecté sur la section de détection (40) et une section de commande de position (60) pour commander la distance entre la sonde (11) et la surface de l'échantillon en fonction d'un signal extrait sur la section de détection du signal minute (50), l'impact de la force de friction générée par l'analyse avec la sonde peut être amoindri, la distance entre l'échantillon et la sonde peut être précisément commandée et le micro-usinage peut être réalisé avec une précision supérieure.