La présente invention concerne un procédé de fabrication de dispositifs à micropuce. Le procédé comprend les étapes de réalisation d'un premier substrat plan (120), le positionnement d'au moins une première fonction d'alignement (128) dans la surface (122) du premier substrat plan (120), et le l'adhésion d'un second substrat (140) à la surface (122) du premier substrat plan (120). Le procédé comporte également l'étape d'alignement des opérations de processus successives effectuées sur au moins un des substrats, le premier (120) ou le second (140) substrat vers des fonctions d'alignement visibles du premier substrat (120), où les fonctions d'alignement visibles sont au moins la première fonction d'alignement (128) ou une fonction visible qui correspond à l'emplacement de la première fonction d'alignement (128).