La présente invention concerne des systèmes, procédés, et un appareil destinés à l'utilisation d'un outil combiné pour nettoyer préalablement un substrat dans une première enceinte de traitement au moyen d'un premier gaz avant la formation de couche épitaxiale, transférer le substrat depuis la première enceinte de traitement vers une seconde enceinte de traitement via une enceinte de transfert sous vide, et former une couche épitaxiale sur le substrat dans la seconde enceinte de traitement sans utiliser le premier gaz. De nombreux aspects additionnels sont décrits.