L'invention concerne une méthode pour contrôler l'infection bactérienne de solutions de sucre brut obtenues à partir d'un matériau saccharifère d'origine végétale, et en particulier à partir de plantes saccharifères telles que la betterave à sucre ou la canne à sucre, basée sur l'utilisation combinée de deux types différents d'agents ayant une activité antimicrobienne et/ou bactériostatique, appropriée à la fois, pour l'usage dans le traitement des produits destinés à la consommation humaine ou animale. Le premier des deux agents se compose d'une ou plusieurs solutions à base d'acide peracétique et de peroxyde d'hydrogène, au moins l'une d'elles est introduite en continu dans le procédé, alors que le deuxième agent, utilisé comme désinfectant secondaire introduit dans le procédé de façon non continue, se compose d'un produit à base d'extraits végétaux naturels compatibles avec des produits alimentaires et ayant une activité antibactérienne, telle qu'un extrait de houblon, des extraits de résine végétale compatible avec des produits alimentaires ou des extraits de graines de palme.