L'invention concerne un séparateur de cordon magnétique à base de micromatrices grâce auquel on peut séparer magnétiquement une substance cible étiquetée par une multiplicité de micro cordons magnétiques de l'ordre du nanomètre dans un liquide d'essai, à grande vitesse, avec les cordons magnétiques, et l'on peut séparer un grand nombre de types de cordons magnétiques simultanément à partir d'une faible quantité de liquide d'essai. Une pluralité d'instruments d'injection et de puces de pipette permet d'injecter chaque liquide d'essai contenant une substance de corps vivant spécifique étiquetée par des cordons magnétiques dans une pluralité de micro récipients, un fil ferromagnétique est disposé sur le côté interne de chacun de la pluralité de micro récipients et magnétisé par l'application du champ magnétique d'un aimant pour constituer le gradient de champ magnétique, le fil ferromagnétique va attirer les cordons magnétiques dans le liquide d'essai, et le liquide d'essai résiduel dans chaque micro récipient après attraction des cordons magnétiques vers le fil ferromagnétique, est aspiré et recueilli au moyen de la puce de pipette.