L'acide fumarique est produit par réaction de l'acide maléique, en solution aqueuse, avec un micro-organisme ayant une activité maléate isomérasique, ou avec une préparation de micro-organisme ayant une activité maléate isomérasique, et produisant de l'acide fumarique en solution par isomérisation enzymatique de l'acide maléique. La réaction est conduite dans des conditions telles que la concentration d'oxygène dissout dans la solution de réaction est maintenue pratiquement à 4 ppm ou moins, par exemple, en opérant sous atmosphère gazeuse composée d'un ou plusieurs gaz choisis parmi N2, Ar et He.