Comme pour les données d'un dispositif de séquençage de base d'un système en ligne, les coefficients d'étalonnage pour les bases de temps des pistes respectives d'une électrophorèse, sont évalués à partir des différences entre les positions de signaux déjà sortis dans une gamme ne donnant pas d'inversion de séquence et des position d'intervalles essentiellement réguliers pour sortir des signaux d'origine, et des bases de temps comme pour les pistes respectives d'électrophorèse sont étalonnées avec les coefficients d'étalonnage afin d'obtenir par ce moyen une séquence de base correcte. Ainsi, les bases peuvent être correctement séquencées même s'il se produit une différence de vitesse d'électrophorèse.